股权转让合同纠纷案件涉及《民法典》和新《公司法》的适用；保护公司内部其他股东优先购买权的纠纷需统一认识；转让瑕疵出资股权引发的责任问题；隐名、显名股东转让股权的复杂性；善意取得公司股权的审理原则。
法律分析
1、转让双方之间的股权转让合同纠纷案件。如请求履行转让合同，请求支付股权转让款并赔偿损失（或支付违约金），或者请求解除转让合同，请求认定转让合同无效，等等。总之，这类纠纷主要适用《民法典》的相关规定进行审理，同时个案审理也要兼顾新《公司法》中的特别规定及原则。
2、涉及保护公司内部其他股东优先购买权的诉讼纠纷案件。例如，新《公司法》第五百三十一条第2款规定，股东向股东以外的人转让股权时，不同意的股东应当购买该转让的股权，但关于购买价格如何确定，是以对外转让合同的价格，还是以公司净资产重新进行评估确定价格，实务中争议较大，有必要尽快统一认识。再如，股权转让合同履行完毕，因出让股东未履行向公司其他股东的告知义务，公司其他股东主张合同无效并请求行使优先购买权纠纷案件，对这类案件，有些法院认为应当首先审查公司章程是否有约定，公司章程有约定的，按约定处理；公司章程没有约定时，应当考虑合理期限，在股东名册或者工商登记作出变更超过一定期限时，其他股东主张行使优先购买权的，可以考虑不予支持。
3、因转让瑕疵出资股权引起的纠纷案件。受让方如果明知出让方出资存在瑕疵仍受让股权时，对未足额出资部分应承担连带补充责任；相反，如果受让方对此不知情，不应承担责任，并且也有权以此为由请求撤销股权转让合同。
4、隐名、显名股东转让股权引起的诉讼案件。这类案件情况比较复杂，隐名与显名股东之间是合同关系，具有相对性。通常情况下隐名股东与显名股东之间的约定，不能对抗公司及公司其他股东，也不能对抗第三人。
5、股权的善意取得纠纷案件。公司股权被无权转让后，受让方主张善意取得公司股权。审理这类案件时，既要考虑公司法律关系具有外观公示的特点，又要注意善意取得制度的基本原理，依法保护公司股东和善意第三人的合法权益。
结语
根据以上情况，对于股权转让合同纠纷案件，应综合运用《民法典》及新《公司法》的相关规定进行审理，兼顾公司章程的约定。对于保护公司内部其他股东优先购买权的案件，需统一认识购买价格的确定方式，并考虑合理期限的设定。对于因转让瑕疵出资股权引起的纠纷案件，受让方是否知情将决定其责任承担。对于隐名、显名股东转让股权引起的案件，约定不能对抗公司及其他股东。对于股权的善意取得纠纷案件，应综合考虑公司法律关系的外观公示特点，保护合法权益。
法律依据
中华人民共和国公司法（2018修正）：第五章 股份有限公司的股份发行和转让 第二节 股 份 转 让 第一百四十二条 公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：
（一）减少公司注册资本；
（二）与持有本公司股份的其他公司合并；
（三）将股份用于员工持股计划或者股权激励；
（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份；
（五）将股份用于转换上市公司发行的可转换为股票的公司债券；
（六）上市公司为维护公司价值及股东权益所必需。
公司因前款第（一）项、第（二）项规定的情形收购本公司股份的，应当经股东大会决议；公司因前款第（三）项、第（五）项、第（六）项规定的情形收购本公司股份的，可以依照公司章程的规定或者股东大会的授权，经三分之二以上董事出席的董事会会议决议。
公司依照本条第一款规定收购本公司股份后，属于第（一）项情形的，应当自收购之日起十日内注销；属于第（二）项、第（四）项情形的，应当在六个月内转让或者注销；属于第（三）项、第（五）项、第（六）项情形的，公司合计持有的本公司股份数不得超过本公司已发行股份总额的百分之十，并应当在三年内转让或者注销。
上市公司收购本公司股份的，应当依照《中华人民共和国证券法》的规定履行信息披露义务。上市公司因本条第一款第（三）项、第（五）项、第（六）项规定的情形收购本公司股份的，应当通过公开的集中交易方式进行。
公司不得接受本公司的股票作为质押权的标的。
中华人民共和国公司法（2018修正）：第四章 股份有限公司的设立和组织机构 第一节 设 立 第八十六条 招股说明书应当附有发起人制订的公司章程，并载明下列事项：
（一）发起人认购的股份数；
（二）每股的票面金额和发行价格；
（三）无记名股票的发行总数；
（四）募集资金的用途；
（五）认股人的权利、义务；v （六）本次募股的起止期限及逾期未募足时认股人可以撤回所认股份的说明。
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