1、改变了名称，确定了适用范围
原《公文格式》（98版）称为《国家机关公文格式》，而新《公文格式》（99版）名称改为《国家行政机关公文格式》。确定了《国家行政机关公文格式》的适用范围。保证了公文的统一性，名称的变化不影响非国家机关的单位和部门采用该标准。
2、改变了公文用纸幅面尺寸
公文用纸的幅百尺寸是这次修订主要调整的内容。原标准中，用纸采用16开型（260 mm×184mm）。新修订的标准中规定一般采用a4型（297mm×210mm）这是公文新标准的最大特点。
3、实行了新的定位方法
在新修订的标准中，为使公文制作者能够比较方便清楚地掌握标准。采用了比较通俗易懂的形式来确定公文中各要素的定位，即采用了“字“和“行“的概念,然后按定义的字和行确定公文中各要素的具体位置。同时，新标准将公文分为眉头、主题、版记三部分。并把各要素进行了归类。
4、缩小了图文区
新修订的标准时，将左右白边增加19mm,，天头地角增加了45mm。这样的版心制作公文一方面为领导阅示发文留有相对宽余的批示空间,另一方面也使公文更加美观。
5、增加了内容
新修订的标准在原标准的基础土增加了一些内容，主要有：公文的排版规格、印刷要求、装订要求、公文中表格的处理。还增加了公文的特定格式，即信函式公文格式、命令格式、会议纪要格式。增加新内容的出发点就是从开始制作到最后形式公文的全过程能够有统一的依据。使公文制作的水平和质量有较大提高。
6、提高了公文的防伪性
公文具有法定效力，目前社会上伪造公文招摇撞骗的犯罪活动时有发生。新标准对公文防伪性做了一些硬性规定。例如：不得出现空白印章;不得再使用“此页无正文“、空白页不标识页码等等。这样不给别有用心伪造公文可乘之机，从格式上维护了法律地位，是新标准最显著的特点之一，也是掌握和执行新标准时特别注意的一个重点。
7、有利于计算机的处理
新标准主要目的有两个,一个是行政机关公文格式达到规范和统一，提高公文制作的水平和质量，二是有利于办公自动化的实现。
二、“文件式“公文的格式变化
1、尺寸的变化
上行文：凡上报的公文发文机关标识上边缘至版心上边缘为80mm，也就是说发文机关红头上边缘至上页边为37十80=117mm。
下行文:凡用于平行文或下行文的公文发文机关标识上边缘至版心上边缘为25mm，也就是说发文机关红头上边缘至上页边为37+25=62mm。
2、各标识中部分要素变化
发文字号：凡是上报的公文，发文字号一律在红线上方左侧，左空1个字，签发人右空1个字，发文字号与签发人同处在红反线上同一行。
3、增加的要素标识
①新标准中增加了发文的保密期限，按照国家保密局的要求，在密级后标注保密期限，中问用“实心五角星“隔开。如“绝密空一个字实心五角星6个月“。根据国家机密保密期限规定，如不标识保密期限，就等同于“绝密“为三十年，“机密“为二十年，“秘密“为十年。
②上行文应当注明签发人、会签人姓名，其中“请示“性公文在“附注“处注明联系人姓名和电话。
4、公文格式中应注意的几个问题
①上行文的标识位置及文头。
②上报公文必须注明签发人或会签人姓名。
③除“会议纪要“和以电报形式发出的外都应加盖印章。
④联合上报公文,主办机关加盖印章，联合下发的公文，发文机关都应加盖印章。
⑤除两个以上机关联合行文外,任何公文的落款处不落发文机关名称,下发的公文标题一般冠发文机关名称。
⑥公文中不得出现空白印章(指三个以上联合行文)。
⑦印章要与正文同处一版面,如不处在同正文一百,应采用缩短或加宽行距、字距办法解决,不得使习“此页无正文“字样。
⑧公文如有空白页，不标页码。
三、特定公文的格式变化
1、信函式公文格式
发文机关标识用全称，但不加“文件“二字，发文机关名称上边缘距土页边的距离为30mm，用红色小标宋体字(20mnm×14mm)，发文机关全称下4mm处为一条武文线(上粗下细)，距下页边20mm处，为一条文武红（上细下粗）,两条线均为170 mm，每页排22行,每行居中排28个字,首页不显页码。其他各要素的标识方法均同“文件式“公文格式标识（发文文号、秘密等级和紧急程度标识在红线下右或左项格标识）。
2、命令格式
发文机关名称加“令“组成,不能用简称,用红色标识。命令标识上边缘距版心边缘为20mnm,下边缘空2行居中标识令号〈用黑体字〉,令号下空2行标识正文;正文下空1行右空4字标识签发人签名章,签名章右空2字标识签发人职务。签发人签名章下空1行右空2字标识成文日期。其他要素均同“文件式“公文格式相同。
3、会议纪要格式
发文机关用红色小标宋体字，位置用“文件式“发文机关标识方法一样，即距版心上边缘25mm,不加盖印章。