首先，这两个都是能做角色动画的，而且都是类似基于原件的动画(AE 可以通过 remap 来实现)。Flash 就不用说了，AE 的举例如 Wonder Pets 就是一个完全通过 PS+AE 完成的角色动画，还是系列片。
这两个到底谁更好，双方一直争论不休。不过结果至少在电视领域显而易见了。AE 做的角色动画少得多的多，但后期还都是会用的。
先说 AE 的优点：
1. 能形变位图，设置关节点+代码控制，操作起来也不是太麻烦。因此，也可以模拟骨骼系统。位图的好处就是比矢量图有更多的细节。所以 AE 是那种基本能做到「让一张油画柔软的动起来」那种。相对，Flash 只能「让一张油画硬邦邦的动起来」。
2. 可以无缝实现后期效果。做动画的同时可以完成后期内容，不用等动画软件渲染了文件再在这里面改，方便很多。而 Flash 只能做到一些简单的滤镜，而且由于渲染问题，用的也不多。顺带一提，由于 AE 在后期方面的专业性，其他一些动画软件即便有这个功能也很难赶得上 AE 在这方面的绝对强势。
4. 承接上点，AE 的特效插件，物理模拟系统，代码等，都能很好实现一些高级效果或代替重复性劳动。虽然 Flash 也有 Actionscript，但在角色动画领域，这东西基本不可用。
3. 由于有摄像机概念的存在，通过建立 Z 轴可以实现一些更好的机位运动。Flash 只能手动模拟。
举个例子：Flash中，从圆形变为正方形，只需要选择“形状补间”命令。但在AE中，需要在path属性中操作，先给“圆形”打上关键帧，再复制“正方形”path到“圆形”中作为关键帧。虽然比Flash中麻烦，但是AE强大的地方在于拥有众多内置特效，更不用说那些无以计数的插件。
再者就是劣势：
1. 没有或者绘图工具比较薄弱，基本还是要借助第三方绘图工具;而 Flash 有相对完整的矢量绘画工具。
2. 这基本上是 2D 动画+骨骼系统会碰到的通病，Flash Pro CS4 之后的骨骼系统在影视领域用的不多的原因也在这里——绑定系统严谨，动画调节器也很严谨，缺乏灵活性。而角色动画中经常会碰到跳层(左手现在是在身体前层，一会儿到身体后层去了，也可能会出现前壁或者上臂之间的位置变化)。当然不是说没法实现，但在灵活性和效率上遥远不如 Flash。(一些新生代的专为动画服务的软件绑定方法更高级，解决了这个问题，但同时学习成本也上升到一个新高度，不过这里就不说了。)所以在碰到人物转身、转面、和物体互动、大幅度动作的时候，AE 可能都不太方便做，至少不如 Flash 这么随心所欲。
3. 没有洋葱皮，或洋葱皮功能远不如 Flash 来得快捷实用。
4. 其他，包括价格劣势，对机器配置要求更高等。
实际上， Flash 一直都走在 web 技术的最前面，从流畅的动画效果，到交互应用程序，再到网络视频。每一项变革都是由 Flash 引起的'。如今 Flash Player 11 的发布，又将硬件加速的 web 3D 技术推向新的高度。
实际上落后的是整个 Flash Platform 平台的进化策略。缺少关键性硬件的绑定，以及强有力的应用程序销售渠道，无法吸引开发者持续开发强有力的应用程序并盈利，也无法吸引到足够都的用户来购买。导致 Flash 只能一个相对狭小的范围内孤芳自赏。而这是决策者在选择技术实现的时候必须要面对并正视的关键点。
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