一、薪酬制度与企业经营战略脱钩或错位
企业战略不同，薪酬策略也应不同。企业在不同的发展阶段，薪酬制度不一样。从目前人力资源管理的现实看，其离企业战略还很远。许多企业仍只是把人力资源管理当成行政后勤类看待，部分企业即使设立了人力资源部门，也并未真正推行人力资源管理的思想，对于人力资源在公司整体运作体系中缺乏理性深入的定位。当企业进入了不同的发展阶段，薪酬战略应该有相应变动时，绝大多数企业的人力资源管理者却并没有获得授权将员工薪资予以适当调整。薪酬管理还未能获得企业最高决策者的全力支持，这导致了薪酬制度与经营战略的错位。
二、薪酬设计、管理不符合原则，有很大的随意性
薪酬制度的设计必须满足三个原则，即外部竞争性、内部公平性和个人公平性。目前我国许多企业在设计薪酬制度时，无法准确的获取市场总体行情，收集的资料缺乏真实可靠性，薪资水平的确定缺乏有力的.市场数据支撑。其次缺乏科学的职位评价体系，企业通过职位评价确定职位和工资等级，但在实际操作中容易管理者主观影响，由于领导重视程度不同，有此职位等级定得很高，有些岗位定得很低。有些企业只是运用简单的排序法排出等级，将同等级同类别的职位归类归档，不科学的职位评价，造成企业内部薪酬的不公平。
三、盲目地运用薪酬保密制度，造成不必要的麻烦和问题
薪酬保密制度不是新鲜事物，它在一定程度上防止了职员在工资方面的盲目攀比行为，有利于公司在薪酬调节上的灵活可弹性。但实际上这种制度并不能达到预期的效果。其一，员工受好奇心的驱使四处打探，导致员工之间的相互猜测和怠工，因此密薪制形同虚设。其二、薪水的公平不仅体现在自身工作的努力上而且也体现在与别人的比较上。密薪制不能有效地激励员工的工作热情。其三，密薪制不利于开展提高生产效率和积极性的各种活动。薪酬体系应该是公开的，薪酬体系鼓励什么，反对什么，具有导向和沟通的作用，有利于消除由此引起的员工关系恶化问题，易获得员工的支持与信任。
四、激励动力不足，缺乏绩效管理系统的支持
薪酬的激励机制在于纵向的职务升迁与横向的薪酬增加两个方面。随着组织的日趋扁平化，职位等级链慢慢缩小，传统的薪酬制度激励效果有明显下降趋势，其结果导向偏离目标，无法使员工能够不断地获取新的技能，支撑绩效的发展。虽然出现了以宽带薪酬思想设计的薪酬体系，但由于实施的范围及条件的限制，在实际运作中成功案例很少。另外以横向激励代替纵向激励，忽视了纵向激励的作用，使得晋升成为一个比较困难的事情，也容易引起企业员工的反对。
五、员工个人能力与绩效之间的尴尬
传统薪酬体系考虑了岗位技能、绩效等特征对员工薪酬的影响，而忽视了员工个人能力或素质对薪酬的影响。企业在进行薪资设计时，是否应为员工的能力付酬这个问题常常使企业感到困惑。如果不为能力付酬，员工能力提高的动力来自何处?如果为能力付酬，那么以什么能力为付酬基本?应付出多少?基于这些原因，在薪酬设计时就面临一个两难的处境——企业为能力付酬却需承担未获得所需绩效的风险;企业不为能力付酬，造成员工缺乏能力提升动力而影响绩效和人才培养机制。
六、福利系统不完善，奖金奖励流于形式，难以起到激励作用
完善的福利系统对吸引和保留员工非常重要，它也是企业人力资源系统是否健全的一个重要标志。福利项目设计得好，不仅能给员工带来方便，解除后顾之忧，增加对公司的忠诚，而且可以节省在个人所得税上的支出，同时提高了公司的社会声望。现实中许多企业在厂房设备方面的投资热情很高，但给员工办理社会保险却心有不甘，能省就省。由于社会保险体系的不完善，企业员工的安全感、归属感不强，公司薪酬缺乏吸引力。
七、沟通不良，薪酬制度效果产生偏差
尽管很多人都认识了沟通的重要性，但事实是：沟通不良几乎是每个企业都存在的老毛病，企业的机构越是复杂，其沟通越是困难。在人力资源开发上的沟通工作，激励性薪酬无疑是最好的沟通手段，通过明确量化的评价，企业和员工能够准确达成所需要的沟通目标。而现实中，绝大多数国内企业从未与员工沟通列在日程上。员工莫名其妙领了一笔奖金，却不知道从何而来，为什么要给他这些奖金，没有人告诉他哪些工作做得好，哪些工作做得不好，心中存着许多疑虑，原本是对员工一次最佳的激励机会，却因为缺乏沟通的机制，并没有起到预期的激励效果。