首先，用人单位应制定有效的规章制度。
在实践中，涉及劳动争议的案件，用人单位败诉的主要原因之一是因为规章制度制定的程序有问题。《劳动合同法》规定，用人单位的规章制度只有在满足实体合法和程序合法的情况下才有效。用人单位的规章制度制定的程序包括下面两个方面：①规章制度首先交职工代表大会或者全体职工讨论，由职工代表大会或全体职工提出方案或意见；②用人单位的规章制度应该告知劳动者。许多用人单位并未意识到第二点的重要性。在员工入职之时也只是将规章制度发给员工，有的企业甚至只是大概给员工讲解下就完了。岂不知这样在发生劳动争议的时候，用人单位很难提供证据证明已经将规章制度的具体内容告知了员工。
用人单位可以用作公示或告知的方法有很多。比如：签收，就是在员工入职之时可以让员工签署《规章制度签署单》；考试，在平时的工作评估时对此部分进行考核；层层培训，在对员工进行培训的同时加入规章制度的培训；传阅以及发放等。但用人单位无论采取何种方式，都应该保存好相关证据，比如：签收单、会议纪要、培训登记、讨论情况等。
其次，在规章制度中建立健全的员工离职手续办理体系。
虽然《劳动合同法》中规定了劳动者应该按照双方的约定办理工作交接，但这仅仅是一个原则性的规定。用人单位想要用规章制度来规范劳动者的离职手续，应该在劳动合同中写明“员工离职时应该严格按照公司的规章制度办理离职手续”，并在规章制度中对此进行具体、详细的规定。
用人单位最好在劳动关系存续期间进行工作的交接，一般为劳动者提出辞职之后的30日内或者在劳动合同到期之前30日内。工作的交接应该在此时间之内尽量完成，否则容易造成事实劳动关系。实践中，用人单位为防止员工不办理工作交接常常这样规定：员工离职之时的工资以及经济补偿金应在工作交接完毕之后领取。
对于经济补偿金的支付，法律的规定是“办理工作交接之时”，意思是可以在办理完毕之后支付也可以在办理过程中支付。但是工资部分，是要求在劳动合同解除或终止之时支付。在实践中，一般都是在这个月领取上个月的工资，有些用人单位认为只要是在规定的薪资发放日支付就不算是拖欠工资，其实不然。《工资支付暂行规定》第九条规定：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。如果用人单位一直未支付，那么很容易变成拖延工资。这对用人单位是存在法律风险的，《劳动合同法》规定了如果拖欠工资可能会产生50％～100％的赔偿金。