相对而言，马来西亚私立大学没有对于国际学生比例的限制和要求，所以申请起来比较容易。一个非常简单的比较就是：所有的学生都可以成功地申请到私立大学就读，但不是所有的人都可以申请到去公立大学学习的机会。
二、毕业的难易程度相比：
马来西亚排名比较前的公立大学都是当地非常有名的大学，本地学生也是需要经过严格的考核才能进入这些大学就读的，而且并不是所有本地学生都有机会进入这些名校学习，每年都有很多本地很优秀的学生无法进入这些公立大学。同样，这些大学对于学生的要求也是比较严格的，一般来说，第一个学期考试成绩没有达标的话，大学会给学生一封警告信，第二个学期如果表现很好，成绩达标就没有问题，如果第二个学期依然不能达标的话，学校就会劝退学生。从2004年至今，马来西亚这些有名的公立大学也招收了不少中国的高中毕业生，但是每个大学每年都有劝退的学生，包括中国学生。
三、专业的多样性比较：
马来西亚公立大学都是政府投资兴办的以发展国民教育提高国民综合素质为目的的，所以每一所大学的专业设置都比较全面而有重点，比如马来西亚理科大学、马来亚大学、马来西亚国民大学等都是综合型大学，大学开设了包括文科、商科、理科、工科、医学等各类学科的几百种专业。马来西亚博特拉大学最早是以发展马来西亚农业为目的而投资兴建的，后来也发展成了一所综合型大学；马来西亚理工大学最早是以发展马来西亚工业为主要任务的，工科、理科在全马来西亚非常有名，同时理工大学的管理学院和教育学院在马来西亚也久富盛名；马来西亚北方大学从开始至今都是以管理和商科而闻名的大学；马来西亚沙巴大学则是以发展海洋生物科学为主要任务的大学。
与公立大学相比，私立大学所开设的专业都是以管理商科类、计算机、工程等为主要特色，都是比较实用的专业。没有任何一所私立大学开设人文社科类专业以及属于高端科技类专业，原因是这些专业的市场需求不是很大，同时非常高端的科技类专业需要投入的实验室和教学设备占用资金比较多。私立学校都是私营公司投资兴建的，自然要考虑投入的成本和回报率。
四、从校园规模和学生人数比较：
马来西亚公立大学的建校历史悠久，如百年历史名校有马来亚大学创办于1905年，马来西亚理工大学创办于1904年，马来西亚博特拉大学成立于1931年。马来西亚政府每年投入大量的教育经费，大学的实验设备等在大马都是最先进的，这些科研性大学承载着为马来西亚的科技发展作出巨大贡献。校园规模而言，除马来亚大学外的其余排名前七位的大学校园面积都在15，000亩以上。同时这些公立大学的在校学生人数几乎都在2万名以上。
私立大学主要是企业出资兴建，在校园硬件设施的投资上并不是所有的私立大学都很慷慨。很多都利用租用校舍和宿舍以减少成本开支（部分学校不能提供在校住宿，一般要求学生住在租的校外宿舍）。
当然，虽然不能和公立大学的规模和人数相比，但是部分私立大学还是有比较完整的大学校园，学生的学习和生活都在校园里，比较方便。
五、从师资力量来比较：
。其中在1997年之前，马来西亚国家鼓励学生到欧美国家求学，给学生在学习期间的花费给予最大的资助。这些留学生回国后成为马来西亚教育界的精英和主要支柱，他们秉承欧美国家先进的教育理念和方式，成为马来西亚高等教育界一支非常有活力和创造力的国际化师资队伍。他们优先被马来西亚公立大学录用，并把西方最先进的教育理念培养国内的学生。
尽管私立大学的师资力量不能和公立大学相提并论，但是所有比较好的私立大学在聘用教师方面都是比较严谨的。而且根据启德历年选送到世纪大学和英迪大学的学生反映，这些私立大学的老师都非常敬业和严谨，都是非常称职和负责任的老师。
六、从留学花费比较：
无论是公立还是私立，马来西亚的留学费用本身就非常适合工薪阶层的学生，当然马来西亚公立大学的学费肯定比私立大学要低。一般来说马来西亚私立大学学费最低的大学，如吉隆坡建设大学每年平均花费应该在5万元人民币，其它的私立大学，如泰莱大学、林国荣大学和思特亚大学每年平均花费应该在6-7万元人民币。而马来西亚理工大学、马来西亚理科大学、马来西亚北方大学和马来西亚博特拉大学每年平均花费则为4到5万元人民币。
七、从硕士和博士研究生应该选择的大学进行比较：
尽管部分马来西亚私立大学也开设硕士专业，但是几乎都是非常有限的专业，如工商管理硕士、土木工程硕士等，而马来西亚公立大学所开设的硕士和博士的专业几乎涵盖了所有的专业和研究领域，多达三到四百多种专业领域。所以如果是攻读硕士或者博士的话，首选的和可选的当然是公立大学。