通常我们习惯将生物工程(BE)和生物医学工程(BME)混为一谈，事实上从美国大学的院系设置也会看到，二者是相通的，研究方向会有很多重合，只不过院系名称不同而已。但从原则上讲，二者是有区别的。二者的侧重点不同。生物工程是涉及医疗、制药、食品、农业、环保、轻工等有关人类衣食住行各个行业的新兴工程领域，是运用生物学、化学和工程学等学科相结合的方法，利用生物体生产人类需要的产品，改造生态系统和环境的应用技术体系。它覆盖基因工程，生物信息学，生物反应器工程，生物分离工程，生物技术制药，农业及海洋生物工程，医用生物工程和生物工程管理。。
生物医学工程(Biomedical Engineering)
是一门新兴的边缘学科，综合工程学、生物学和医学的理论和方法，在各层次上研究人体系统的状态变化，并运用工程技术手段去控制这类变化，目的是解决医学中的有关问题，保障人类健康，为疾病的预防、诊断、治疗和康复服务。
研究以应用基础性研究为主，领域十分广泛，并在不断扩展。现阶段它所涉及的研究领域主要有生物力学、生物材料、人工器官、生物系统的建模与控制、物理因子的生物效应、生物系统的质量与能量传递、生物医学信号的检测与传感器原理、生物医学信号处理方法、医学成像和图像处理方法、治疗与康复的工程方法等微创伤手术、老年医学、家庭健康监护和远程医疗等正在成长为新的研究领域。
另外，还有对DNA蛋白质分子的研究，以及医疗仪器设备的研究等。美国院校对BME的专业分支与国内有很大差别。各个学校的研究方向也会略有不同，但他们的专业分工和着重点非常明确，所有的相关学科知识，都是以一个方向服务的。如康奈尔的BME方向偏向生物力学;达特茅斯，是归类于工科学院的，规模不是很大，但专业中的几个方向还是很不错的。还有一些特殊的情况是，有一些学校会把BME归类于物理系，如布兰迪斯大学，伊利诺伊大学香槟分校，俄亥俄大学等。不同学校院系设置不同，侧重点也会有区别，因此，我们在申请的时候一定要对所选的专业方向和课程设置做深入研究，对自己的能力作出正确的评估。