《纪效新书》（十八卷本）总序中的“公移”紧密结合东南沿海的地形、我情与倭情，论述了练兵的必要性和重要性，提出了一套较为完整的练兵理论和计划。《纪效或问》则对重要问题，尤其是最急需解决的事情进行申明和论辨，以防疑惑不解，他自注说：“柬伍既有成法，必信于众，则令可申。苟一字之种疑，则百法之是废，故历述所急与可辨者，为或问以明之。”正文十八卷详细而又具体他讲述了兵员的选拔和编伍、水陆训练、作战和阵图、各种律令和赏罚规走、诸种军诫兵器及火药的制造和使用、烽堠报警和旗语信号等建军作战的各个方面，并有大量形象逼真的兵器、旗帜、阵法、习艺姿势等插图。书中还详细记述了戚继光发明的鸳鸯阵，即一种以牌为前导，筅与长枪，长枪与短兵互防互救，双双成对的阵法。以及鸳鸯阵的变体“三才阵”。该阵法组成人数更少，用于冲锋时追歼敌军。