支付流程包括：支付的发起、支付指令的交换与清算、支付的结算等环节。
清算(Clearing)，指结算之前对支付指令进行发送、对帐、确认的处理，还可能包括指令的轧差。
轧差(Netting)，指交易伙伴或参与方之间各种余额或债务的对冲，以产生结算的最终余额。
结算(Settlement)，指双方或多方对支付交易相关债务的清偿。
严格意义上，清算与结算是不同的过程，清算的目的是结算。但在一些金融系统中清算与结算并不严格区分，或者清算与结算同时发生。
一笔支付交易可以通过纸基或电子支付工具发起。
一些支付工具，既可以纸基方式发起，也可以电子方式发起。如贷记转帐，既可在银行柜面填写单据，以签名/签章方式对支付进行授权，也可利用网上银行功能以电子化方式授权发起;如银行卡，既可以纸基通过签名方式进行授权，也可在终端(POS/ATM)通过刷卡与密码发起。
支付交易可通过纸基与电子化步骤结合的方式进行，如支票可被截留并以电子化方式进行处理，截留地点与时间的不同(如在POS或在交换中心)反映了电子化程度的差异。
支付交易也可包含现金与非现金步骤，如付款人以银行存款发起汇款，而接收人以现金支取。