有极少数人群在食用灵芝后，出现腹痛、皮肤红疹等过敏症状，对于这类人群就不宜吃灵芝孢子粉。
增加出血
因为灵芝孢子粉有一定的活血作用，因此以下情况是不建议使用的：病人手术前、后一周内，或正在大出血的病人。
导致流产
灵芝不适合于正常孕妇吃，因为灵芝过分滋补，有诱发流产的可能。灵芝还有一点微毒性，不可以过量或过常服用。
引起不可预知的伤害
在使用灵芝的时候需要辨别真假，不可以认为只要是灵芝就是可以服用的，否则会对身体造成不可预知的伤害。
注射灵芝粉有副作用
服灵芝孢子粉一般无不良反应，但灵芝注射液有过敏反应，一般注射20～30分钟后，轻者有荨麻疹、心慌气短、胸闷、腹痛、胃痛、呕吐、喉头水肿，重者出现过敏性休克或过敏性脑炎。
引起明显的排毒反应
大约有百分之二的人群服用破壁灵芝孢子粉会出现瞑眩反应，指人的体质或身体机能由不好转好（如：酸性体质变为健康弱酸体质），或人体在排除毒素时（如药品、食物中农药、人工添加剂、饲料中的荷尔蒙、抗生素、人体产生的废物等残留）身体的反应，所以又称为排毒反应或者调整反应。瞑眩反应是暂时性的，不是每一个人都会发生，也不是只发生一次。这是灵芝孢子粉作用于人体的正常反应。瞑眩反应表现为腹泻，恶心，呕吐，嗜睡，起疹子，头晕等等，一般遇到这种情况应该改为饭后服用，减量服用，如果反应过于严重应暂时停服，详情应根据反应情况来断定。
灵芝孢子粉禁忌
1、不可与含铅等重金属元素食物同食，如松花蛋等，否则会出现不良作用。2、忌辛、辣、酸，以免刺激人体系统。以免刺激人体系统，对于灵芝孢子粉的功效发挥不好，导致治疗和辅助治疗、保健的效果不好。3、最好和食物分开时间食用，特别是和抗生素、西 药并用时，最好间隔1个小时。4、灵芝过敏者、怀孕前三个月的孕妇、儿童、大出血的病人，不宜服用灵芝孢子粉。