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太阳黑子的产生机制虽然仍处于研究阶段,但大概知道太阳黑子和太阳磁场有颇大关系,由于太阳自转速度在不同纬度有快慢之别,在太阳赤道部份的自转速度较两极快,因此太阳的磁场线会打结,当磁场线之间的压力达到一定水平,磁场线就会如橡皮圈一样卷成一圈,并露出一部份在太阳表面。在磁场线穿越太阳表面的位置,对流较差,使得太阳内部传到表面的能量减少, 让光球层表面温度降低1000到2000摄氏度,所以看上去像一些深暗色的斑点(黑子)。